我和妻子分居三个月，有两个孩子。不管孩子们

您可以提起离婚诉讼，孩子不满一岁一般判归母亲。依据《民法典》，不满两周岁的子女，以母亲直接抚养为原则，若不及时处理，可能影响孩子抚养权归属及您的合法权益。
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可起诉离婚。操作如下：1.收集证据，如分居证明、财产被转移的证据等；2.咨询律师，了解诉讼流程及可能结果；3.向法院提起诉讼，请求判决离婚及子女抚养权、财产分割等；4.等待法院调解或判决，并遵守执行。
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离婚诉讼常见处理方式为协议或诉讼。若双方能协商，可签订离婚协议；若协商不成，则需向法院提起诉讼，由法院根据最有利于孩子的原则判决。